Principales amenazadas para los murcielagos.

Las amenazas más frecuentes y perjudiciales para las poblaciones ibéricas son la destrucción de refugios, la pérdida del hábitat, el uso de biocidas agrícolas, el tratamiento químico de la madera ,las molestias humanas, la falta de ética profesional y la mala prensa.

-Destrucción de refugios Pérdida de refugios naturales, rehabilitación de ruinas y edificios, sustitución de viejos puentes, reapertura de minas abandonadas, puesta en uso de túneles viejos y ciertas prácticas agrícolas contrarias a la presencia de murciélagos(por ejemplo, el cultivo de champiñones y endibias).

-Destrucción del hábitat
Transformaciones del paisaje y sobreexplotación de masas forestales.

-Uso de biocidas agrícolas
Los insecticidas agrícolas reducen el número de presas potenciales de los murciélagos y provocan envenenamientos por ingestión de insectos contaminados.

-Tratamiento químico de la madera.
Los tratamientos químicos, especialmente con compuestos organoclorados, aplicados a la madera que se usa en la construcción para protegerla contra hongos y carcoma, afectan a los murciélagos que entran en contacto con ella.

En la actualidad, 22 de las 25 especies presentes en la geografía peninsular se encuentran incluidas en alguna categoría de amenaza en el Libro rojo de los vertebrados de España.

Cabe destacar la presencia de una especie que hasta hace poco se consideraba extinguida, el murciélago de Nathusius (Pipistrellus nathusii), pero que ha sido hallada recientemente en Asturias, Cantabria y Navarra. A la vista de esta última información, se sugiere incluirla en la categoría de "Insuficientemente Conocida".